La electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecil sulfato de sodio (SDS-PAGE) se utiliza para identificar la presencia, ausencia o sobreexpresión de proteínas y, por lo general, su interpretación es visual. Algunos métodos publicados pueden localizar la posición de las proteínas utilizando análisis de imagen en imágenes de geles de SDS-PAGE. Sin embargo, no pueden determinar automáticamente la concentración o el peso molecular de una banda de proteína en particular. En este artículo, se desarrolla una nueva metodología para identificar el número de muestras presentes en un gel de SDS-PAGE y el peso molecular de la proteína recombinante. Se crearon imágenes de SDS-PAGE de diferentes concentraciones de proteína GPN pura para producir geles homogéneos. Luego, estas imágenes fueron analizadas utilizando la metodología desarrollada llamada Perfil de Imagen Basado en Segmentación de Imagen Binaria (IPBBIS). Se basa en detectar los valores de intensidad máxima de las bandas analizadas y produce la segmentación de imágenes filtradas por una máscara binaria. El IPBBIS se desarrolló para identificar el número de muestras en un gel de SDS-PAGE y el peso molecular de la proteína recombinante de interés, con un margen de error del 3.35%. Se logró una precisión del 0.9850521 para geles homogéneos y del 0.91736 para geles heterogéneos de baja calidad.