La agricultura implica actividades destinadas a mejorar la calidad del suelo para la producción de alimentos. En este entorno, los microorganismos desempeñan un papel vital, afectando positiva y/o negativamente el crecimiento de las plantas. Dada esta influencia, es crucial conocer la microbiota asociada con los sistemas agrícolas y los fitopatógenos. El método de cultivo microbiano ha demostrado ser ineficaz para identificar microorganismos en sistemas agrícolas, y actualmente existen métodos más efectivos con mayor alcance para su identificación. Esta revisión recopila información actualizada sobre nuevos métodos para estudiar microorganismos en el sistema agrícola, como la metagenómica, y nuevas propuestas para métodos de identificación de microorganismos, como la espectrometría Raman, la nanotecnología y los biosensores de fitopatógenos. Además, se discuten las fortalezas y limitaciones de los nuevos métodos para la identificación de microorganismos.