La caracterización de la estructura genética y las razas fisiológicas es una necesidad creciente para aplicar la resistencia genética del hospedador contra la roya de la hoja del trigo como una estrategia de control exitosa. En este estudio, recolectamos e identificamos alrededor de 130 aislados de 16 cultivares comerciales de trigo egipcios cultivados en diferentes localidades, durante dos temporadas (2019/2020 y 2020/2021). Los 130 aislados se segregaron en 17 razas fisiológicas diferentes. TTTST y TTTKS fueron las razas virulentas más comunes, mientras que TTTST y MTTGT fueron las razas más frecuentes. Las razas se clasificaron en tres grupos, basándose en sus distintos tamaños de bandas de ADN (150 pb, 200 pb y 300 pb) después del análisis RAPD. Los nuevos cultivares de trigo (Sakha-94, Sakha-95 y Shandweel-1) infectados con la raza más virulenta (TTTST), Gemmeiza-12 y Misr-3 fueron resistentes a todas las razas fisiológicas. La resistencia de estos cultivares se debió principalmente a la presencia de genes resistentes. Nuestros resultados sirven como una advertencia sobre las razas agresivas emergentes capaces de suplantar la resistencia a la roya de la hoja, y ayudan a comprender la asociación entre patotipo-cultivar-localización y su papel en la susceptibilidad/resistencia de los nuevos cultivares de trigo.