El genoma mitocondrial (mitogenoma) se reconoce como un marcador molecular efectivo para estudiar la evolución molecular y la filogenia. La familia Mysmenidae es un grupo de arañas de distribución amplia y vida oculta, de las cuales la información mitogenómica es en gran parte poco clara. En este estudio, obtuvimos los primeros cuatro mitogenomas completos de arañas mysmenid (una especie de superficie: , y tres especies de cuevas: , y ). Los análisis comparativos revelaron que sus longitudes variaron de 13,771 pb () a 14,223 pb (), conteniendo un conjunto estándar de 37 genes y una región rica en A + T con la misma orientación genética que otras especies de arañas. El tamaño mitogenómico de fue más similar al de los mitogenomas que al de , lo que podría indicar la evolución convergente de las arañas de cueva. Se detectó una alta variabilidad entre los géneros y . El contenido de A + T, la frecuencia de aminoácidos de los genes codificadores de proteínas (PCGs) y las estructuras secundarias de los tRNAs mostraron grandes diferencias. y contenían tRNAs truncados casi idénticos, y sus espaciadores intergénicos y superposiciones exhibieron alta uniformidad. Las dos especies también poseían una mayor similitud de codones de inicio/parada para los PCGs que las dos especies. En el análisis de presión selectiva, en comparación con , tuvo valores de Ka/Ks mucho más altos, lo que implica que la presión de selección puede verse afectada por cambios en el hábitat. En nuestro estudio, el análisis filogenético basado en la combinación de 13 PCGs y dos rRNAs mostró que Mysmenidae es un clado hermano de la familia Tetragnathidae. Nuestros datos y hallazgos contribuirán a una mejor comprensión del origen y la evolución de las arañas mysmenid.