Las propiedades topológicas y conformacionales de los intermediarios de replicación del ADN cambian después de la deproteinización. Presentamos las primeras simulaciones de dinámica molecular de moléculas parcialmente replicadas en etapas tempranas y tardías del proceso de replicación del ADN. La deproteinización facilita la distribución del estrés superhelical entre las regiones no replicadas y replicadas para alcanzar un equilibrio termodinámico. Nuestras simulaciones identificaron cinco componentes del estrés superhelical y cuatro tipos de eventos de colisión en moléculas en replicación. El signo topológico y la quiralidad de los eventos de colisión se correlacionaron con la progresión de la replicación del ADN.