Los músculos esqueléticos branquiómeros son un subconjunto de músculos de la cabeza que se originan a partir de células progenitoras de músculo esquelético en el núcleo mesodérmico de los arcos branquiales. Estos músculos están involucrados en la expresión facial, la masticación y la función de la laringe y la faringe. Los músculos branquiómeros han sido el foco de muchos estudios a lo largo de los años debido a sus programas de desarrollo distintos y su origen común con el músculo cardíaco. Un requisito previo para investigar las propiedades y el potencial terapéutico de estos músculos es comprender su programa genético y diferenciación. En contraste con nuestra comprensión de cómo se forman los músculos branquiómeros, se sabe menos sobre su diferenciación. Esta revisión se centra en la diferenciación de los músculos branquiómeros en embriones de ratón. Además, también se discute la relación entre las células progenitoras de músculo branquiómero y las células de la cresta neural en los arcos branquiales de los embriones de pollo. Adicionalmente, resumimos estudios recientes sobre las redes genéticas que distinguen entre los músculos derivados del primer arco y otros músculos de arcos branquiales.