Nuevas heurísticas para la consistencia de tripletas enraizadas
Autores: Tazehkand, Soheil Jahangiri; Hashemi, Seyed Naser; Poormohammadi, Hadi
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2013
Acceso abierto
Artículo científico
2013
Nuevas heurísticas para la consistencia de tripletas enraizadas
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Software
Palabras clave
Tripletes enraizados
Entrada
Reconstruyendo
Filogenias
Relación evolutiva
Especies
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
Los tríos enraizados se están convirtiendo en uno de los tipos de datos de entrada más importantes para reconstruir filogenias enraizadas. Un trío enraizado es un árbol filogenético con tres hojas y muestra la relación evolutiva de las tres especies correspondientes. En este artículo, investigamos el problema de inferir el árbol evolutivo de consenso máximo a partir de un conjunto de tríos enraizados. Se sabe que este problema es APX-duro. Presentamos dos nuevos algoritmos heurísticos. Para un conjunto dado de tríos en especies, el algoritmo se ejecuta en tiempo, donde es la inversa funcional de la función de Ackermann. Esto es más rápido que cualquier otro algoritmo conocido previamente, aunque el resultado es menos satisfactorio. El algoritmo Mejor Fusión de Pares con Reconstrucción Total (BPMTR) se ejecuta en tiempo y, en promedio, funciona mejor que cualquier otro algoritmo conocido previamente para este problema.
Descripción
Los tríos enraizados se están convirtiendo en uno de los tipos de datos de entrada más importantes para reconstruir filogenias enraizadas. Un trío enraizado es un árbol filogenético con tres hojas y muestra la relación evolutiva de las tres especies correspondientes. En este artículo, investigamos el problema de inferir el árbol evolutivo de consenso máximo a partir de un conjunto de tríos enraizados. Se sabe que este problema es APX-duro. Presentamos dos nuevos algoritmos heurísticos. Para un conjunto dado de tríos en especies, el algoritmo se ejecuta en tiempo, donde es la inversa funcional de la función de Ackermann. Esto es más rápido que cualquier otro algoritmo conocido previamente, aunque el resultado es menos satisfactorio. El algoritmo Mejor Fusión de Pares con Reconstrucción Total (BPMTR) se ejecuta en tiempo y, en promedio, funciona mejor que cualquier otro algoritmo conocido previamente para este problema.