El óxido de franjas, causado por f. sp., es una de las enfermedades foliares más devastadoras del trigo común en todo el mundo. La cría de nuevas variedades de trigo con resistencia duradera es la forma más efectiva de controlar la enfermedad. El tetraploide (2n = 4x = 28, EEEE) lleva una variedad de genes que confieren resistencia a múltiples enfermedades, incluyendo el óxido de franjas, la pudrición de la cabeza por Fusarium y el mildiu polvoriento, lo que lo convierte en un valioso recurso genético terciario para mejorar las variedades de trigo. Aquí, se caracterizó una nueva línea de sustitución disómica de trigo tetraploide 6E (6D) (K17-1065-4) utilizando hibridación in situ genómica y análisis de pintura cromosómica por hibridación in situ por fluorescencia. La evaluación de las respuestas a la enfermedad reveló que K17-1065-4 es altamente resistente al óxido de franjas en la etapa adulta. Al analizar la secuencia del genoma completo de diploide, detectamos 3382 secuencias SSR específicas en el cromosoma 6E. Se desarrollaron sesenta marcadores SSR, y treinta y tres de ellos pueden rastrear con precisión el cromosoma 6E del tetraploide que estaban vinculados a los genes de resistencia a la enfermedad en el fondo genético del trigo. El análisis de marcadores moleculares indicó que 10 marcadores pueden usarse para distinguir de otras especies relacionadas con el trigo. Así, K17-1065-4 que lleva los genes de resistencia al óxido de franjas es un nuevo germoplasma útil para la cría de variedades de trigo resistentes a enfermedades. Los marcadores moleculares desarrollados en este estudio pueden facilitar la localización del gen de resistencia al óxido de franjas en el cromosoma 6E del tetraploide.