El tizón del arroz es uno de los estreses bióticos más devastadores que limita la productividad del arroz. La región de las Colinas del Noreste (NEH) de India se considera uno de los principales centros de diversidad tanto para el arroz como para los patotipos. Por lo tanto, el presente estudio se llevó a cabo para elucidar la base genética de la resistencia al tizón de la hoja y del cuello en condiciones de Meghalaya. Se utilizó un conjunto de 80 genotipos diversos (población natural) y 2 poblaciones F que involucraban un padre resistente, una variedad silvestre, LR 5 (Lal Jangali) y genotipos susceptibles Sambha Mahsuri SUB 1 (SMS) y LR 26 (Chakhao Poireiton) para el análisis de asociación de marcadores vinculados a genes mayores reportados con la resistencia al tizón de la hoja y del cuello para identificar genes efectivos mayores en condiciones locales. La genotipificación utilizando veinticinco marcadores específicos de genes a través de genotipos diversos y progenies F reveló que los genes estaban asociados con la resistencia al tizón de la hoja en las tres poblaciones. Los genes mostraron una asociación con la resistencia al tizón del cuello en las poblaciones naturales y en LR 5 x SMS. Además, un conjunto de 184 marcadores polimórficos a nivel del genoma (SSRs y SNPs), cuando se aplicaron a bulks de ADN resistentes y susceptibles derivados de LR 5 x LR 26, sugirió que en el cromosoma 12 se encuentra uno de los principales genes que confiere resistencia a la enfermedad. Los marcadores snpOS318, RM1337 y RM7102 y RM247 y snpOS316 se asociaron con la resistencia al tizón de la hoja y al tizón del cuello, respectivamente. Los genotipos, marcadores y genes ayudarán en la selección asistida por marcadores y en el desarrollo de variedades con resistencia duradera.