El cambio climático aumenta los niveles de estrés para los cultivos y afecta los aspectos económicos y ambientales de los sistemas de gestión agrícola. La aplicación de microorganismos mediadores de la tolerancia al estrés es una estrategia prometedora para mejorar la protección de los cultivos, y como tal, desarrollamos una estrategia de selección directa para obtener microorganismos cultivables a partir de bio-recursos prometedores utilizando plantas señuelo, maíz, colza, sorgo y remolacha azucarera. Los musgos alpinos, líquenes y primulas fueron seleccionados como bio-recursos, ya que cada uno está adaptado a condiciones ambientales adversas. Se encontró una selección específica del 10% para las comunidades de rizosfera de plantas señuelo utilizando huellas dactilares independientes de cultivo, y su papel potencial como agentes protectores del estrés (SPA) fue evaluado tras el cultivo de las bacterias capturadas. Además de los ensayos que identifican la antagonismo a fitopatógenos y las capacidades de promoción del crecimiento de las plantas, nuestra evaluación incluyó aquellas que prueban la capacidad de asignar nutrientes. Además, desarrollamos nuevos ensayos para medir la tolerancia en diversas condiciones de estrés. Se aplicó un esquema de puntuación para seleccionar SPAs con propiedades deseadas, y posteriormente se eligieron tres especies con actividad antagonista pronunciada que mostraron una tolerancia elevada a la desecación y una tasa mejorada de germinación de semillas. El cribado de microorganismos condicionados ambientalmente y adaptados al hospedador proporciona una herramienta novedosa para la explotación orientada al objetivo de los bio-recursos microbianos para la gestión de cultivos ecológicos que enfrentan tensiones bióticas y abióticas.