Potyviral P3 está involucrado en la replicación viral, el movimiento y la patogenicidad; sin embargo, su función bioquímica es desconocida. En este estudio, el P3 del virus del mosaico amarillo del calabacín (ZYMV) interactuó con ClBBD, una proteína con alta actividad de nucleasa bifuncional ortóloga, en la sandía. El sitio de unión se mostró a través de la proyección de dos híbridos en levaduras y el ensayo BiFC, y se localizó en el N-terminal de P3 en lugar de P3N-PIPO. ClBBD se localizó predominantemente en el cloroplasto y la membrana plasmática. El P3 de ZYMV también estaba presente en el núcleo y el citoplasma como agregados. Cuando se coexpresó con P3 en tabaco, ClBBD formó agregados con P3 en el citoplasma. La reducción utilizando el vector VIGS pV190 y el desafío con ZYMV reveló una correlación positiva entre la acumulación viral y la expresión de ClBBD, lo que indica que ClBBD reduce la resistencia de la sandía a ZYMV. Además, encontramos que cuando P3 y ClBBD se coexpresaron de forma transitoria en tabaco, el nivel de P3 fue significativamente más alto que cuando se expresó solo o se coexpresó con GUS. Se infirió que ClBBD puede ser capaz de estabilizar la expresión de P3. En general, los resultados sugieren que la interacción de P3 con ClBBD promueve la infección viral, y ClBBD puede estar involucrado en estabilizar el nivel de expresión de P3.