El aumento de la entrada de nitrógeno (N) ejerce un impacto significativo en la integridad funcional de los ecosistemas terrestres, siendo los pastizales alpinos particularmente susceptibles. Los microbios del suelo están intrínsecamente entrelazados con casi todos los aspectos del ciclo biogeoquímico esencial, subrayando su papel fundamental en los procesos del ecosistema. Para elucidar cómo el enriquecimiento de N modula los microbios del suelo y su diversidad, se llevaron a cabo experimentos de adición de N durante 11 años en un prado alpino semi-húmedo (AM) y una estepa alpina árida (AS) en la meseta tibetana del norte. Medimos las propiedades del suelo, la productividad primaria neta por encima del suelo (ANPP), la diversidad de plantas, la composición y diversidad microbiana, así como las redes de co-ocurrencia microbiana. Los resultados revelaron que las adiciones de N remodelaron profundamente la co-ocurrencia microbiana en los pastizales alpinos, aunque a través de mecanismos divergentes en diferentes ecosistemas. En AM, el enriquecimiento de N desestabilizó las redes microbianas principalmente a través de la reducción de la diversidad bacteriana vinculada a la pérdida de diversidad de plantas. Por el contrario, en el más severo AS, la adición de N fomentó interacciones microbianas más cercanas, formando una red de co-ocurrencia más estable a pesar de la menor riqueza de plantas, atribuida predominantemente al aumento de la disponibilidad de nutrientes en el suelo. Nuestros resultados destacan la importancia de las redes de co-ocurrencia como un componente clave de la biodiversidad microbiana y enfatizan la necesidad de descifrar los mecanismos de interacción microbiana para desentrañar la dinámica funcional del suelo bajo el enriquecimiento global de nitrógeno.