Los microbios asociados a las plantas juegan un papel crucial en la adaptabilidad de las plantas al facilitar la adquisición de nutrientes, el crecimiento y la resistencia al estrés. Sin embargo, los efectos de los herbicidas en las comunidades microbianas en diferentes nichos asociados a las raíces y su impacto en las interacciones entre malezas y microbios no se comprenden bien. Una maleza problemática reduce el rendimiento y la calidad de los cultivos. En este estudio, investigamos la diversidad de comunidades bacterianas y fúngicas utilizando secuenciación de rRNA 16S y del espaciador interno transcrito (ITS). Se observaron diferencias significativas en la estructura de la comunidad bacteriana en cuatro nichos asociados a las raíces, con una disminución de la diversidad desde el suelo en general hasta la endosfera. El genotipo sensible mostró una mayor diversidad bacteriana en comparación con el biotipo resistente, lo que indica que el tipo de muestra es el principal factor que influye en la composición de la comunidad microbiana, mientras que el genotipo juega un papel secundario. Además, examinamos las comunidades fúngicas en poblaciones sensibles y resistentes, identificando 271 unidades taxonómicas operativas (OTUs) fúngicas. Las OTUs dominantes en la población sensible fueron , , y , mientras que la población resistente contenía dos OTUs únicas, sp. y , que estaban ausentes en la población sensible. Este estudio proporciona información sobre cómo las comunidades bacterianas y fúngicas en las poblaciones responden a la exposición a herbicidas, contribuyendo a una comprensión más profunda de las interacciones entre malezas y microbios.