Nuevo Patrón de Reorganización Génica en el Genoma Mitocondrial: Nuevo Orden Génico en Pteromalidae (Hymenoptera: Chalcidoidea)
Autores: Huang, Yixin; Yang, Yuanhan; Qi, Liqing; Hu, Haoyuan; Rasplus, Jean-Yves; Wang, Xu
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Nuevo Patrón de Reorganización Génica en el Genoma Mitocondrial: Nuevo Orden Génico en Pteromalidae (Hymenoptera: Chalcidoidea)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Mitogenomas
Genes
Codificación de proteínas
TRNA
Selección
Filogenético
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
Los genomas mitocondriales de , , , y fueron secuenciados para entender mejor la evolución estructural de los mitogenomas de Pteromalidae. Todos estos mitogenomas recién secuenciados contenían 37 genes. La composición de nucleótidos estaba sesgada hacia AT y la mayoría de los genes que codifican proteínas mostraron un sesgo AT negativo. Todos los 13 genes que codifican proteínas (PCGs) comenzaron con el codón de inicio estándar ATN, excepto por de , que comenzó con TTG, y terminaron con un codón de parada típico TAA/TAG o un codón de parada incompleto T. Todos los genes de ARN de transferencia (tRNA) se predijeron que se plegarían en las estructuras secundarias típicas en forma de trébol, excepto por , que carece del brazo DHU en todas las especies. En , y carecen del brazo DHU y del brazo TC, respectivamente. Aunque la mayoría de los genes evolucionaron bajo una fuerte selección purificadora, el valor Ka/Ks del gen de fue mayor que 1, lo que indica una posible selección positiva. Se reveló una nueva transposición de en , que fue la primera de este tipo reportada en Pteromalidae. Se utilizaron dos tipos de conjuntos de datos (PCG12 y AA) y dos métodos de inferencia (máxima verosimilitud e inferencia bayesiana) para reconstruir una hipótesis filogenética para los mitogenomas recién secuenciados de Pteromalidae y aquellos depositados en GenBank. Las topologías obtenidas recuperaron la monofilia de las tres subfamilias incluidas. Pachyneurinae y Pteromalinae fueron recuperadas como familias hermanas, y ambas aparecieron como hermanas de Sycophaginae. Las distancias de ruptura pareadas de los reordenamientos del mitogenoma se estimaron para inferir la filogenia entre las especies de pteromalid. La topología obtenida no fue totalmente congruente con las reconstruidas utilizando los métodos ML y BI.
Descripción
Los genomas mitocondriales de , , , y fueron secuenciados para entender mejor la evolución estructural de los mitogenomas de Pteromalidae. Todos estos mitogenomas recién secuenciados contenían 37 genes. La composición de nucleótidos estaba sesgada hacia AT y la mayoría de los genes que codifican proteínas mostraron un sesgo AT negativo. Todos los 13 genes que codifican proteínas (PCGs) comenzaron con el codón de inicio estándar ATN, excepto por de , que comenzó con TTG, y terminaron con un codón de parada típico TAA/TAG o un codón de parada incompleto T. Todos los genes de ARN de transferencia (tRNA) se predijeron que se plegarían en las estructuras secundarias típicas en forma de trébol, excepto por , que carece del brazo DHU en todas las especies. En , y carecen del brazo DHU y del brazo TC, respectivamente. Aunque la mayoría de los genes evolucionaron bajo una fuerte selección purificadora, el valor Ka/Ks del gen de fue mayor que 1, lo que indica una posible selección positiva. Se reveló una nueva transposición de en , que fue la primera de este tipo reportada en Pteromalidae. Se utilizaron dos tipos de conjuntos de datos (PCG12 y AA) y dos métodos de inferencia (máxima verosimilitud e inferencia bayesiana) para reconstruir una hipótesis filogenética para los mitogenomas recién secuenciados de Pteromalidae y aquellos depositados en GenBank. Las topologías obtenidas recuperaron la monofilia de las tres subfamilias incluidas. Pachyneurinae y Pteromalinae fueron recuperadas como familias hermanas, y ambas aparecieron como hermanas de Sycophaginae. Las distancias de ruptura pareadas de los reordenamientos del mitogenoma se estimaron para inferir la filogenia entre las especies de pteromalid. La topología obtenida no fue totalmente congruente con las reconstruidas utilizando los métodos ML y BI.