El estrés por bajas temperaturas afecta severamente la productividad del arroz, por lo tanto, elaborar alteraciones fisicoquímicas mediadas por el frío y desentrañar las vías de tolerancia al frío facilitarán la cría de arroz resistente al frío. Diversas líneas Near-isogénicas (NILs) tolerantes al frío seleccionadas en la etapa de embuchado a través de retrocruzamiento de una variedad local Lijing2 (tolerante al frío) con Towada (una variedad sensible al frío). Los atributos de tolerancia al frío de NILs fueron validados durante dos años evaluando la fertilidad de las espiguillas seguida de la correlación de diecinueve rasgos morfológicos con la tasa de cuajado de semillas (RSS). Los resultados revelaron que BG, FG, 1-2IL, RSLL y UIL estaban significativamente correlacionados con RSS y tenían una distancia de intervalo de marcadores más cercana con la tolerancia al frío en el análisis de QTL. Se encontraron dos QTL, y , para RSS basados en un modelo lineal mixto. Los alelos de los dos QTL fueron aportados por Lijing2 y las distancias genéticas entre los picos fueron de 0.00 y 0.06cM, que explicaban el 5.70% y el 8.36% de la variación, respectivamente. Se identificó un QTL para 1-2IL, RSLL e ILBS, mientras que se identificaron dos QTL para FG, BG y UIL. Estos hallazgos pueden ser explotados para desarrollar arroz tolerante al estrés por bajas temperaturas en tiempos de cambio climático.