NaRIBaS-un marco de scripting para modelado computacional de nanomateriales y líquidos iónicos a temperatura ambiente en volumen y lámina
Autores: Roos Nerut, Eva; Karu, Karl; Voroshylova, Iuliia V.; Kirchner, Kathleen; Kirchner, Tom; Fedorov, Maxim V.; Ivanitev, Vladislav B.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2018
Acceso abierto
Artículo científico
2018
NaRIBaS-un marco de scripting para modelado computacional de nanomateriales y líquidos iónicos a temperatura ambiente en volumen y lámina
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Sistemas
Palabras clave
Modelado computacional
Líquidos iónicos
NaRIBaS
Nanomateriales
Automatización
Reproducibilidad
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
La modelización computacional se utiliza cada vez más en estudios de nuevas sales líquidas iónicas. El efecto secundario inevitable es el creciente número de cálculos similares que requieren automatización. Este artículo presenta NaRIBaS (Nanomateriales y Sales Líquidas Iónicas a Temperatura Ambiente en Volumen y Lámina): un marco de trabajo de script que combina scripts de bash con códigos computacionales para facilitar la modelización de nanomateriales y sales líquidas iónicas en volumen y lámina. NaRIBaS ayuda a organizar y documentar todos los datos de entrada y salida, mejorando así la reproducibilidad de los cálculos. Se proporcionan tres ejemplos para ilustrar los flujos de trabajo de NaRIBaS para cálculos de teoría del funcional de la densidad (DFT) de pares iónicos, simulaciones de dinámica molecular (MD) de sales líquidas iónicas a granel (ILs) y simulaciones de MD de ILs en una interfaz.
Descripción
La modelización computacional se utiliza cada vez más en estudios de nuevas sales líquidas iónicas. El efecto secundario inevitable es el creciente número de cálculos similares que requieren automatización. Este artículo presenta NaRIBaS (Nanomateriales y Sales Líquidas Iónicas a Temperatura Ambiente en Volumen y Lámina): un marco de trabajo de script que combina scripts de bash con códigos computacionales para facilitar la modelización de nanomateriales y sales líquidas iónicas en volumen y lámina. NaRIBaS ayuda a organizar y documentar todos los datos de entrada y salida, mejorando así la reproducibilidad de los cálculos. Se proporcionan tres ejemplos para ilustrar los flujos de trabajo de NaRIBaS para cálculos de teoría del funcional de la densidad (DFT) de pares iónicos, simulaciones de dinámica molecular (MD) de sales líquidas iónicas a granel (ILs) y simulaciones de MD de ILs en una interfaz.