Las plantas de tomate de un invernadero comercial fueron identificadas con síntomas compatibles con una infección por el virus del fruto rugoso marrón del tomate (ToBRFV). La PCR de transcripción inversa y la PCR cuantitativa confirmaron la presencia de ToBRFV. Posteriormente, se extrajo y procesó la misma muestra de ARN y una segunda de plantas de tomate infectadas con un tobamovirus similar, el virus del mosaico moteado del tomate (ToMMV), para secuenciación de alto rendimiento con la tecnología Oxford Nanopore (ONT). Para la detección específica de ToBRFV, se sintetizaron las dos bibliotecas utilizando seis cebadores específicos de secuencia de ToBRFV en el paso de transcripción inversa. Esta innovadora tecnología de enriquecimiento de objetivos permitió una secuenciación de cobertura profunda de ToBRFV, con un 30% de las lecturas totales mapeando al genoma del virus objetivo y un 57% mapeando al genoma del huésped. El mismo conjunto de cebadores aplicado a la biblioteca de ToMMV generó un 5% de las lecturas totales mapeando a este último virus, lo que indica que también se permitió la secuenciación de secuencias virales similares y no objetivo. Además, el genoma completo del virus del mosaico del pepino (PepMV) también fue secuenciado de la biblioteca de ToBRFV, lo que sugiere que, incluso utilizando múltiples cebadores específicos de secuencia, una baja tasa de secuenciación fuera de objetivo puede proporcionar información adicional sobre especies virales inesperadas coinfectando las mismas muestras en un ensayo individual. Estos resultados demuestran que la secuenciación de nanopore dirigida puede identificar específicamente agentes virales y tiene suficiente sensibilidad hacia organismos no objetivo para proporcionar evidencia de infecciones virales mixtas.