La cantidad de nanopartículas que ingresan al medio ambiente ha aumentado sustancialmente en los últimos años. Cómo podrían afectar las características de las plantas y la estructura de la comunidad bacteriana cuando ingresan al suelo, sin embargo, aún se debate, ya que hay una interacción continua entre ellos. En este estudio, determinamos el efecto de las nanopartículas de plata (Ag-NPs) y hematita (alfa-FeO-NPs) (0,15 g kg) en las características del frijol común (L.) y la comunidad bacteriana del suelo en la rizosfera, no rizosfera y suelo no cultivado. La aplicación de Ag-NPs o alfa-FeO-NPs no afectó el crecimiento de las plantas, pero cambió la cantidad de algunos metales pesados en las raíces y partes aéreas. La aplicación de nanopartículas tuvo un efecto limitado en la diversidad, estructura y perfil funcional de las comunidades bacterianas del suelo y la rizosfera, pero fueron alteradas por el cultivo de las plantas de frijol y cambiaron con el tiempo. Se encontró que la aplicación de Ag-NPs o alfa-FeO-NPs no tuvo efecto en el crecimiento de las plantas de frijol y solo un efecto pequeño en la estructura de la comunidad bacteriana y sus posibles funciones metabólicas. Estos hallazgos muestran que en un sistema complejo, como un suelo, diferentes factores podrían afectar la estructura de la comunidad bacteriana y alterar el posible efecto de las nanopartículas sobre ella.