En este estudio, investigamos los posibles efectos de las nanopartículas de cobalto y boro como inductores de las primeras etapas de desarrollo (germinación) de trigo duro y blando al simular inundaciones como uno de los factores ambientales limitantes. También investigamos el efecto remoto del tratamiento de granos de trigo con nanopartículas cuando la inundación se aplicó ya en la etapa de macollaje. Para identificar los efectos de las nanopartículas, utilizamos parámetros morfométricos, bioquímicos y fenotípicos de plántulas y plantas de dos especies de trigo que difieren en origen y en la respuesta de estos parámetros a la inundación. Se encontraron efectos positivos en la etapa de germinación, aumentando los indicadores cuantitativos bajo estrés. La sensibilidad de las especies de trigo a la inundación fue diferente, lo que corresponde a aspectos históricos y climáticos del cultivo. Se mostró sensibilidad a los efectos del estrés asociados con la pérdida de germinación, disminución del crecimiento y fotosíntesis para ambas especies. El tratamiento con nanopartículas de cobalto y boro mejoró la adaptación al estrés y mejoró los parámetros fotosintéticos, pero los resultados alentadores en condiciones de estrés fueron ambiguos y, en el caso del trigo blando, podrían llevar al deterioro de algunos parámetros. Así, el uso de nanopartículas de boro y cobalto tiene potencial para reducir la productividad bajo estrés, pero requiere una evaluación detallada del protocolo de cultivo dependiendo del genotipo.