Las bacterias del suelo son algunos de los actores clave que afectan la productividad de las plantas. Hoy en día, el suelo está expuesto a contaminantes emergentes como nanopartículas de metales. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos toxicológicos de las nanopartículas de plata y óxido de zinc en bacterias clasificadas como bacterias promotoras del crecimiento de las plantas. Tres tipos de bacterias -fijadoras de nitrógeno, solubilizadoras de fosfato y formadoras de biopelículas- fueron expuestas a nanopartículas diseñadas. Inicialmente, se determinó el efecto de las nanopartículas de plata y óxido de zinc en cultivos puros de bacterias. Estas nanopartículas fueron luego aplicadas al suelo para evaluar los cambios en la composición de las comunidades bacterianas. Los impactos de las nanopartículas fueron analizados utilizando la secuenciación Illumina MiSeq de los genes de ARNr 16S. En el suelo utilizado, las abundancias relativas de las principales y significativas filas desde el punto de vista agrícola, a saber, Proteobacteria, Actinobacteria y Firmicutes, fueron alteradas en presencia de nanopartículas de plata. Las nanopartículas de plata cambiaron la abundancia de las tres filas en un 25 a 45%. Las nanopartículas de óxido de zinc mostraron efectos insignificantes a nivel de filo. Por lo tanto, las nanopartículas de plata pueden afectar a las comunidades bacterianas en el suelo, y esto a su vez puede influir en los procesos llevados a cabo por las bacterias del suelo.