Investigar el efecto de las nanomedicinas en el comportamiento de las células cancerosas en plataformas tridimensionales (3D) es beneficioso para evaluar y desarrollar nuevas nanomedicinas antitumorales in vitro. Mientras que la citotoxicidad de las nanomedicinas en células cancerosas ha sido ampliamente estudiada en superficies planas bidimensionales, hay poco trabajo que utilice confinamiento 3D para evaluar sus efectos. Este estudio tiene como objetivo abordar esta brecha aplicando nanopartículas de paclitaxel PEGiladas (PEG-PTX NPs) por primera vez para tratar células de carcinoma nasofaríngeo (NPC43) en un confinamiento 3D que consiste en micropozos de diferentes tamaños y una cubierta de vidrio. Se estudió la citotoxicidad del fármaco de molécula pequeña paclitaxel (PTX) y de las PEG-PTX NPs en micropos con tamaños de 50 x 50, 100 x 100 y 150 x 150 m, tanto con como sin una cubierta superior oculta. Se analizó el impacto del confinamiento en micropos con diferentes tamaños y ocultación sobre la citotoxicidad de PTX y PEG-PTX NPs evaluando la viabilidad celular de NPC43, la velocidad de migración y la morfología celular tras el tratamiento. En general, se encontró que el aislamiento en micropos suprimía la citotoxicidad del fármaco, y se observaron diferencias en los efectos dependientes del tiempo de PTX y PEG-PTX NPs sobre las células NPC43 en microambientes aislados y ocultos. Estos resultados no solo demuestran el efecto del confinamiento 3D en la citotoxicidad de las nanomedicinas y los comportamientos celulares, sino que también proporcionan un nuevo método para seleccionar fármacos anticancerígenos y evaluar comportamientos celulares in vitro.