Las levaduras antagonistas pueden colonizar naturalmente el grano de trigo y potencialmente inhibir los patógenos responsables de la podredumbre de la corona de Fusarium (FCR). El recubrimiento de semillas es un método recomendado para proteger los cultivos contra los patógenos de FCR. La efectividad del recubrimiento de semillas con levaduras antagonistas en la reducción de la incidencia de FCR sigue siendo insuficientemente investigada. El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto del recubrimiento de semillas con un fungicida triazol y una suspensión de células en el estado de salud y desarrollo de los cultivares de trigo duro (Durasol y Floradur), y analizar la estructura del micobioma en la rizosfera de plántulas. Bajo condiciones de campo, la incidencia de FCR se redujo en un 57.1% con triticonazol y en un 35.7% con el agente de biocontrol en comparación con el tratamiento de control. El recubrimiento de semillas disminuyó el número de unidades taxonómicas operativas (OTUs) de patógenos en un 47.24% en cv. Durasol y un 87.4% en cv. Floradur. El número de OTUs de especies autóctonas de levaduras aumentó en la rizosfera de ambos cultivares de trigo duro. La efectividad del recubrimiento de semillas con levaduras está determinada por la calidad y adaptación local de los agentes de biocontrol.