El macollaje determina directamente la producción de semillas y la capacidad de propagación de las plantas clonales. Sin embargo, los mecanismos moleculares involucrados en el desarrollo de los macollos de las plantas clonales aún no se comprenden completamente. En este estudio, realizamos una comparación del proteoma entre los brotes de macollo y el nudo del tallo de un mutante de múltiples macollos y un tipo silvestre de grama ciempiés. Los resultados mostraron aumentos significativos del 29.03% y 27.89% en el número de macollos primarios y secundarios, respectivamente, en el mutante en comparación con el tipo silvestre. La tasa fotosintética aumentó en un 31.44%, mientras que los contenidos de almidón, azúcar soluble y sacarosa en los brotes de macollo y el nudo del tallo mostraron aumentos del 13.79%, 39.10%, 97.64%, 37.97%, 55.64% y 7.68%, respectivamente, en comparación con el tipo silvestre. Dos grupos que comprenden 438 y 589 especies de proteínas, respectivamente, se acumularon diferencialmente en los brotes de macollo y el nudo del tallo en el mutante mtn1. Consistente con las características fisiológicas, el metabolismo de la sacarosa y el almidón, así como la señalización de hormonas vegetales, se encontraron enriquecidos con proteínas diferencialmente abundantes (DAPs) en el mutante. Estos resultados revelaron que los azúcares y las hormonas vegetales pueden desempeñar roles regulatorios importantes en el desarrollo de los macollos en la grama ciempiés. Estos resultados ampliaron nuestra comprensión del desarrollo de los macollos en las plantas clonales.