La enfermedad de almacenamiento de glucógeno tipo II (enfermedad de Pompe: EP) es un trastorno genético fatal heredado de manera autosómica recesiva que resulta de la deficiencia de una enzima hidrolasa de glucógeno, la alfa-glucosidasa ácida, codificada por el gen. Aquí, describimos la base molecular de los defectos genéticos en un gato doméstico de pelo corto de 8 meses con EP. El gato fue diagnosticado previamente con EP basado en los hallazgos clínicos y patológicos de miocardiopatía hipertrófica y acumulación excesiva de glucógeno en los músculos cardíacos. Se realizó secuenciación de Sanger en 20 exones del gen felino utilizando ADN genómico extraído de tejidos hepáticos embebidos en parafina. Se encontró que el gato afectado era homocigoto para la mutación :c.1799G>A, lo que resulta en una sustitución de aminoácido (p.R600H) de la alfa-glucosidasa ácida, una posición de codón que es idéntica a tres mutaciones de sentido erróneo (p.R600C, p.R600L y p.R600H) que causan EP de inicio infantil en humanos (EPIH). Varios predictores de estabilidad y patogenicidad también han mostrado que la mutación felina es perjudicial y disminuye severamente la estabilidad de la proteína GAA. Los hallazgos clínicos, patológicos y moleculares en el gato fueron similares a los de EPIH en humanos. Hasta donde sabemos, este es el primer informe de una mutación patogénica en un gato. La EP felina es un excelente modelo para la EP humana, especialmente la EPIH.