La N-acetiltransferasa de arilalquilamina (AANAT) es una enzima crucial limitante de la velocidad en la síntesis de melatonina. Se ha confirmado que se ha duplicado e inactivado de manera independiente en diferentes taxones animales para adaptarse al medio ambiente. Sin embargo, las fuerzas evolutivas asociadas con tener una única copia siguen siendo poco claras. El murciélago de gran oreja tiene una única copia, pero exhibe diferentes ritmos de hibernación en varias poblaciones. Analizamos la evolución adaptativa a nivel de gen y proteína de tres linajes genéticos distintos en China: noreste (NE), centro-este (CE) y suroeste (SW). Los resultados revelaron una mayor diversidad genética en los loci de las poblaciones de los linajes NE y CE que tienen tiempos de hibernación más largos, y hubo dos loci de selección positiva. La capacidad catalítica de AANAT en la población de Liaoning que experimentó selección positiva fue significativamente mayor que la de la población de Yunnan (< 0.05). Esta diferencia puede estar relacionada con la menor proporción de hélice alfa y la variación en dos residuos de interfaz. La evolución adaptativa de estuvo significativamente correlacionada con el clima y el medio ambiente (< 0.05). Después de controlar los factores geográficos (latitud y altitud), la evolución de por el factor de temperatura negativa se representó mediante la temperatura media mensual (r = -0.6, < 0.05). Los resultados identificaron la variación a nivel de gen, la adaptación funcional y los factores impulsores evolutivos de, proporcionando una base importante para comprender mejor la evolución adaptativa de la única copia en los quirópteros, y pueden ofrecer evidencia para los ritmos de hibernación adaptativa en los murciélagos.