Medir las diferencias en la progresión del ciclo celular es frecuentemente esencial para entender el comportamiento celular bajo diferentes condiciones, tratamientos y cambios ambientales. La sincronización celular se utiliza ampliamente con este propósito, pero desafortunadamente, hay muchos casos donde la sincronización no es una opción. Muchas líneas celulares, muestras de pacientes o células primarias no pueden ser sincronizadas, y la mayoría de los métodos de sincronización implican exponer las células al estrés, lo cual hace que el método sea incompatible con el estudio de respuestas al estrés como el daño en el ADN. El uso de etiquetado dual con EdU y BrdU puede potencialmente superar estos problemas, pero la necesidad de procesamiento individual de las muestras puede introducir una gran variabilidad en los resultados y su interpretación. Aquí, describimos un método para analizar la proliferación celular y la progresión del ciclo celular mediante el doble tinción con análogos de timidina en combinación con el etiquetado celular fluorescente, lo cual permite multiplexar el estudio y reduce la variabilidad debido al tinción individual de muestras, reduciendo también el costo del experimento.