La diabetes tipo 2 es una de las principales amenazas para la salud humana en el siglo XXI. Es un trastorno metabólico caracterizado por un metabolismo de glucosa desregulado que resulta de una secreción de insulina alterada o resistencia a la insulina. Más recientemente, estudios epidemiológicos acumulados y modelos animales han confirmado que la disfunción circadiana causada por el trabajo en turnos, la ingesta tardía de alimentos y la pérdida de sueño conduce a la diabetes tipo 2. Los ritmos circadianos, oscilaciones biológicas endógenas de 24 horas, son una característica fundamental de casi todos los organismos y controlan muchas funciones fisiológicas y celulares. En los mamíferos, la luz sincroniza los relojes cerebrales y la alimentación es un estímulo principal que sincroniza los relojes periféricos en tejidos metabólicos, como el hígado, el páncreas, los músculos y los tejidos adiposos. La arritmia circadiana causa la pérdida de sincronía de los relojes de estos tejidos metabólicos y conduce a un metabolismo de las células beta del páncreas alterado junto con una secreción de insulina modificada. Además de esto, los microbios intestinales y los ritmos circadianos están entrelazados a través de la regulación metabólica. Los enfoques ómicos juegan un papel significativo en desentrañar cómo un metabolismo circadiano interrumpido causa diabetes tipo 2. En la presente revisión, enfatizamos los descubrimientos de varios genes, proteínas y metabolitos que contribuyen a la aparición de la diabetes mellitus tipo 2 (T2D). Las implicaciones de estos descubrimientos para comprender la red del reloj circadiano en la T2D pueden conducir a nuevas soluciones terapéuticas.