Las respuestas de bioseguridad a las detecciones de plagas exóticas post-frontera son más efectivas con el conocimiento de dónde puede haber originado la especie o si las detecciones recurrentes están conectadas. Los marcadores genéticos poblacionales para esto son típicamente específicos de la especie y no están disponibles de antemano para cualquier especie que no sea de alto riesgo, lo que dificulta la evaluación de otras especies menos anticipadas en ese momento. Aquí, se diseñan nuevos conjuntos de cebadores PCR degenerados para dentro de los Lepidoptera y Diptera para las regiones génicas 3 COI, ND3, ND6 y 3 más 5 16S. Se ha demostrado que son universales a nivel ordinal entre especies de 14 y 15 familias a través de 10 y 11 superfamilias de dípteros y lepidópteros, respectivamente. La secuenciación de los amplicones ND3 como un ejemplo de todos los loci confirmó la detección de variación a nivel poblacional. Esto apoyó el hallazgo de múltiples haplotipos poblacionales a partir de las secuencias disponibles públicamente. La concatenación de las secuencias también confirmó que se logra una mayor resolución poblacional que para los genes individuales. Aunque aún no se ha probado en una situación de bioseguridad, este método es un medio relativamente simple y disponible para caracterizar poblaciones. Esto contribuye de manera proactiva a la caja de herramientas de las agencias de cuarentena en el momento de la detección sin la necesidad de investigación y desarrollo específicos de especies no preparadas.