La hepatitis por cuerpos de inclusión adenovirales en pollos se ha asociado, en parte, con serotipos del adenovirus aviar D. Determinamos el genoma de 44 aislados de FAdV-D recolectados de diferentes partes del mundo, incluyendo 43 FAdV-2/-11 y un raro FAdV-3. Este estudio se centró en el único aislado de FAdV-3, mostrando evidencia de una estructura mosaico del genoma viral. Estos hallazgos destacan la necesidad de un análisis de genoma completo de variantes virales raramente aisladas para reconstruir mejor su evolución y epidemiología.