El presente estudio se realizó para analizar comparativamente las variaciones morfológicas en la forma del caparazón de poblaciones de orígenes no tradicionales/emergentes (Lago Bosten y Condado de Zhenlai) y orígenes tradicionales (Lago Yangcheng) utilizando un método de morfometría geométrica. Se aplicó una combinación de análisis de spline de placa delgada y análisis de Pratt generalizado al estudio morfométrico de estos valiosos cangrejos. Diferentes poblaciones geográficas mostraron una heterogeneidad espacial significativa en la morfología del caparazón. La morfometría geométrica basada en puntos de referencia del caparazón tiene una precisión de discriminación de hasta el 100% para cangrejos machos y hembras de diferentes áreas de producción y, por lo tanto, puede proporcionar un método más conveniente y no letal para rastrear los orígenes de los cangrejos de río chinos en áreas de producción de escala fina. También se puede utilizar para formar una cadena industrial característica para productos acuáticos de nuevos orígenes y aliviar la pobreza en áreas rurales remotas, lo que a su vez promoverá el desarrollo sostenible de la industria de la acuicultura.