Las islas mediterráneas son excepcionalmente ricas en endemismo, la mayor parte del cual está distribuido de manera restringida. Se han priorizado medidas de conservación, como las áreas protegidas, principalmente sobre la base de la riqueza de especies y el endemismo, pero también se debe tener en cuenta la información filogenética. En este estudio, calculamos varias métricas taxonómicas y filogenéticas a alta resolución para la flora endémica de las Islas Baleares (154 taxones), con el fin de identificar (i) los patrones espaciales y los factores ambientales que explican este endemismo, (ii) los puntos críticos de endemismo de especies y filogenético, y (iii) las lagunas en las áreas protegidas. Las métricas taxonómicas y filogenéticas mostraron diferentes patrones de distribución, pero las áreas montañosas de Mallorca y algunas zonas costeras de las Islas Baleares tienen los valores más altos. Estos valores estaban relacionados positivamente con la elevación, la precipitación, la temperatura y la pendiente, y negativamente con la distancia desde la costa, la exposición y la temperatura del trimestre más húmedo. Identificamos puntos críticos en la cuadrícula donde todas las métricas tenían los valores más altos, y también identificamos nano-puntos críticos dentro de estos puntos críticos, en algunos de los picos más altos de Mallorca, donde coincidieron la mayoría de los valores máximos de estas métricas. Este enfoque nos permitió identificar algunas lagunas en las áreas de prioridad de conservación y resaltar la necesidad de revisar sus límites y definición.