Se informan los resultados de una encuesta destinada a evaluar el impacto de una piscifactoría en la Mar Grande de Taranto (sur de Italia, Mar Mediterráneo) sobre el entorno circundante. Allí, se planeó la implementación de una planta IMTA innovadora, con los objetivos de bioremediación ambiental y producción de biomasa comercialmente explotable. Se realizaron análisis en febrero y julio de 2018. Se tomaron muestras de agua de mar y sedimentos en las cuatro esquinas de la piscifactoría para detectar las características biológicas y fisicoquímicas existentes. La investigación se llevó a cabo para identificar la mejor área de la planta de cultivo para posicionar el sistema de bioremediación, pero también para obtener una línea base de datos, para comparar con el estado ambiental después de la acción de bioremediación. Los datos también se analizaron mediante análisis canónico de coordenadas principales (CAP). Todas las mediciones, en particular, la microbiología y la caracterización de la comunidad macrobentónica utilizando el Índice Biótico Marino de AZTI (AMBI) y los índices Multivariantes-AMBI (M-AMBI), sugieren que el efecto de los desechos de la piscifactoría estaba concentrado y limitado a una pequeña porción del área investigada en relación con la dirección de la corriente principal. Se eligió un sitio llamado A3, que se encontró que era el más impactado por las actividades de acuicultura, especialmente durante la temporada de verano, para colocar el sistema de bioremediación.