Aunque los sistemas de dunas desempeñan un papel ecológico crucial y ofrecen diversos servicios ecosistémicos, están incluidos entre los tipos de hábitats de interés comunitario en la Unión Europea que enfrentan los desafíos de conservación más severos. El objeto de este estudio fue el monitoreo de los tipos de hábitats protegidos bajo la Directiva 92/43/CEE (Directiva de Hábitats) a lo largo de los sistemas de dunas costeras del Arco Jónico de Taranto. Se emplearon encuestas sociológicas de vegetación, mapeo GIS, métricas del paisaje, índices NBR y dNBR para evaluar el estado de conservación del sistema de dunas y el impacto de los factores de perturbación. Se prestó especial atención al hábitat 2250* (Dunas costeras con Juniperus spp.), revelando que se expandió de 2006 a 2019, pero luego se redujo significativamente entre 2019 y 2022, con una creciente fragmentación, principalmente debido a incendios forestales. El estudio también destacó el impacto de especies invasoras como Acacia saligna y Carpobrotus acinaciformis, que compiten por espacio y recursos vitales. Estos hallazgos proporcionan evidencia científica para la gestión y restauración de los ecosistemas de dunas costeras, enfatizando la necesidad de estrategias de conservación específicas para mitigar los efectos de estas perturbaciones.