El refoldeo es conocido como el cuello de botella en el procesamiento aguas abajo de cuerpos de inclusión (IB) en la industria farmacéutica: altas diluciones que llevan a grandes volúmenes de operación, cinéticas lentas de refoldeo y bajos rendimientos de refoldeo son solo algunos de los problemas que impiden la aplicación industrial. La solubilización previa al refoldeo a menudo se lleva a cabo empíricamente y los efectos del solubilizante en el paso de refoldeo posterior rara vez se investigan. Sin embargo, los resultados obtenidos en este estudio indican que la calidad del solubilizante IB tiene un efecto severo en el refoldeo posterior. Dado que el solubilizante contiene agentes caotrópicos en altas molaridades, comúnmente se analiza con electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato de sodio (SDS-PAGE). Sin embargo, el SDS-PAGE sufre de un largo tiempo de análisis, lo que dificulta la implementación analítica en línea. En este estudio, establecimos un método de cromatografía líquida en fase reversa en línea para investigar la calidad del solubilizante dependiente del tiempo. Para verificar la necesidad de monitoreo en línea de la solubilización, variamos las condiciones esenciales de solubilización para IBs de peroxidasa de rábano picante. Se encontró que el tiempo de solubilización tiene una influencia importante en el refoldeo posterior, subrayando la alta necesidad de un análisis en línea de la solubilización. Además, utilizamos el método desarrollado de cromatografía líquida en fase reversa para un control en proceso (IPC). En conclusión, el método de cromatografía líquida en fase reversa presentado permite un control adecuado de la solubilización de IB aplicable para el refoldeo personalizado.