La escasez de agua impacta negativamente en la producción de palma de aceite, lo que requiere el desarrollo de variedades tolerantes a la sequía. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar marcadores moleculares para programas de cría de palma de aceite enfocados en la tolerancia a la sequía. Se seleccionaron genes asociados con la tolerancia a la sequía y se desarrollaron marcadores basados en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). Se extrajo con éxito ADN genómico de 17 variedades de palma de aceite, y 20 cebadores de 44 se amplificaron de manera efectiva. La selección con polimorfismo de conformación de cadena simple (SSCP) reveló un marcador SNP informativo del gen de colina monooxigenasa (CMO), que exhibió genotipos CC, CT y TT. Notablemente, la variedad de palma de aceite La Mé mostró el genotipo CT, mientras que Surat Thani 2 (Deli x La Mé) exhibió los genotipos CT y CC en una proporción de 1:1. El análisis de expresión génica confirmó la asociación del gen CMO con la tolerancia a la sequía en variedades comerciales de palma de aceite. El gen CMO de longitud completa tenía 1308 pb y compartía similitudes de secuencia con otras especies vegetales. Sin embargo, se observaron variaciones en la secuencia de aminoácidos en comparación con las bases de datos existentes. Estos hallazgos destacan la utilidad potencial del marcador CMO para la selección de tolerancia a la sequía, específicamente dentro del progenitor La Mé de las variedades de palma de aceite Surat Thani 2, y confirman firmemente a la población La Mé S5 y a Surat Thani 2 como variedades tolerantes a la sequía.