Este estudio tuvo como objetivo evaluar la calidad del agua de la cuenca del río Pirapó en Paraná, Brasil, e identificar los puntos críticos de contaminación en toda la cuenca. La calidad del agua se monitoreó entre enero de 2011 y diciembre de 2012. Se muestrearon nueve puntos distribuidos a lo largo del cauce principal del río Pirapó, totalizando 17 muestras. La calidad del agua se evaluó mediante la determinación de 14 parámetros físicos, químicos y microbiológicos. El análisis de las variables monitorizadas en la cuenca del río Pirapó mediante análisis factorial/análisis de componentes principales (AF/ACP) indicó la formación de tres grupos distintos de parámetros: temperatura del agua (Tagua), oxígeno disuelto (OD) y un grupo compuesto por sólidos suspendidos totales (SST), turbidez y nitrito (NO₂–). Los parámetros Tagua y OD mostraron una relación con la estacionalidad, mientras que los niveles de SST, turbidez y NO₂– se correlacionaron con la escorrentía superficial causada por las precipitaciones. El análisis de componentes principales (ACP) de los puntos de muestreo permitió seleccionar las 10 variables más importantes de entre los 14 parámetros evaluados. Los resultados mostraron que los niveles de nitrato (NO₃₄), NO₂, SST, turbidez y fósforo total (PF) se relacionaron con el tipo de suelo, mientras que los parámetros OD, conductividad eléctrica (CE), nitrógeno amoniacal (N-NH₃₄) y coliformes termotolerantes (CT) se relacionaron con la contaminación por materia orgánica, siendo el sitio de muestreo P5 el más crítico. El diagrama de ordenación de los puntos de muestreo en función del ACP indicó una reducción de 9 a 5 puntos de muestreo, lo que indica el potencial para disminuir los costos asociados con el monitoreo.