Las comunidades de aves acuáticas son indicadores potenciales de cambios ecológicos en ecosistemas de humedales amenazados y, en consecuencia, un posible objeto de programas de monitoreo ecológico. Las aves acuáticas a menudo crían en colonias en gran medida inaccesibles en hábitats inundados, por lo que las encuestas con vehículos aéreos no tripulados (UAV) proporcionan un método robusto para estimar el tamaño de su población reproductora. Los conteos de parejas reproductoras pueden llevarse a cabo mediante rutinas de detección manual y automatizada. En este estudio, encuestamos la principal colonia reproductora de la espátula (Plegadis falcinellus) en el Parque Nacional de Doñana. Obtuvimos una imagen de alta resolución, en la que se determinó manualmente el número y la ubicación de los nidos a través de la interpretación visual por un experto. También sugerimos una metodología estandarizada para los conteos de nidos que sería repetible a lo largo del tiempo para censos de monitoreo a largo plazo, a través de una clasificación supervisada basada principalmente en las propiedades espectrales de la imagen y un conteo automático posterior basado en el tamaño y la forma. Aunque el conteo manual y automático fue en gran medida similar en el número total de nidos, la precisión entre ambas metodologías fue solo del 46.37%, con mayor variabilidad en áreas poco profundas libres de vegetación emergente que en áreas dominadas por macrófitas altas. Discutimos los posibles desafíos para los conteos automáticos en imágenes altamente complejas.