La creciente influencia antropogénica en los ambientes lóticos, como resultado de la civilización, ha despertado el interés público debido a los problemas asociados con el deterioro de la calidad del agua. Se han desarrollado diversos métodos de monitoreo biológico que proporcionan una medida directa de la integridad ecológica mediante la respuesta de la biota a los cambios ambientales para monitorear el estado ecológico de los ambientes lóticos. Las diatomeas se han utilizado ampliamente en este sentido, y esta revisión intenta resumir los conceptos básicos asociados con el monitoreo biológico mediante diatomeas bentónicas. Siempre que es posible, se utilizan ejemplos de trabajos realizados en Brasil.