En la última década, los modelos de datos de panel que utilizan observaciones de series temporales de varias unidades geográficas se han vuelto populares debido a la disponibilidad de software capaz de implementarlos. El objetivo de este estudio es una comparación actualizada de técnicas de estimación entre las implementaciones de modelos de datos de panel espacio-temporales en MATLAB y R para ajustar datos reales de mortalidad. El estudio de caso utilizado se refiere a la mortalidad masculina y femenina de la población anciana de los países europeos. La mortalidad se cuantifica con la Figura de Mortalidad Comparativa, que es la estadística más adecuada para comparar la mortalidad por sexo en el espacio cuando se dispone de datos de mortalidad específicos detallados para cada población estudiada. La dependencia espacial entre los 26 países europeos y sus vecinos durante 1995-2012 se confirmó a través del Índice Global de Moran y los modelos de datos de panel espacio-temporales. Por esta razón, se puede decir que la mortalidad en la población europea que envejece no solo depende de las diferencias en los sistemas de salud, que están sujetos a la discreción nacional, sino también de los desarrollos supranacionales. Finalmente, concluimos que aunque ambos programas parecen similares, hay algunas diferencias en la estimación de parámetros y medidas de bondad de ajuste siendo MATLAB más confiable. Estas diferencias han sido justificadas detallando las ventajas y desventajas de usar cada uno de ellos.