Al asumir que tanto el tiempo de viaje como el tiempo de salida son variables distribuidas normalmente, se propone un modelo de optimización estocástica multiobjetivo para el problema de programación cooperativa de vuelos en múltiples aeropuertos (MAFCSP) con CvaR del tiempo de viaje y de salida. En este contexto, se pueden evitar los conflictos de vuelos de diferentes aeropuertos en el mismo punto de referencia al asignar simultáneamente una ruta óptima a cada vuelo entre el aeropuerto y el punto de referencia y determinar su tiempo de salida práctico. Además, se han incorporado al modelo propuesto varias restricciones del mundo real, incluyendo el intervalo seguro entre dos aeronaves en el mismo punto de referencia y el retraso máximo permitido para cada vuelo. El objetivo principal es minimizar tanto las emisiones totales de carbono como los tiempos de retraso para todos los vuelos en todos los aeropuertos. Se obtuvo un conjunto factible de soluciones no dominadas utilizando un enfoque heurístico de dos etapas basado en NSGA-II. Finalmente, presentamos un estudio de caso de cuatro aeropuertos y tres puntos de referencia en la región de Beijing-Tianjin-Hebei en China para probar nuestro estudio.