El objetivo de este estudio fue desarrollar un modelo farmacocinético basado en la fisiología de varios compartimentos (PBPK) que permita la reproducción de la función del sistema gastrointestinal in silico. Basado en las herramientas típicas de la ingeniería química, los fenómenos de transporte y el conocimiento fisiológico y anatómico humano, el modelo desarrollado no se limita a representar el transporte de medicamentos y sus interacciones con los alimentos ingeridos, sino que también describe varios aspectos fisiológicos que regulan cuantitativamente la distribución, absorción y eliminación de medicamentos. Sin embargo, el modelo solo contiene un número limitado de parámetros: las constantes de permeabilidad de las membranas del yeyuno, íleon y colon y las tasas de eliminación de fármacos en los compartimentos sanguíneo y celular. Por lo tanto, puede ser utilizado para una evaluación preliminar de la biodisponibilidad de fármacos en las primeras etapas del desarrollo de fármacos cuando hay datos experimentales limitados disponibles. El modelo fue probado con dos medicamentos, Ketoprofeno e Ibuprofeno, que arrojaron resultados satisfactorios de acuerdo con la literatura existente.