El sistema de conversión de cultivos, de arroz a vegetales, mostró diversas influencias en las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) con el tiempo de conversión y la gestión de fertilizantes/riego. En este estudio, evaluamos el modelo de DeNitrificación-DeComposición (DNDC) para predecir las emisiones de dióxido de carbono (CO), metano (CH), óxido nitroso (NO) y rendimientos de cultivos al convertir el arroz en un sistema de cultivo de vegetales bajo fertilización convencional o sin fertilización de 2012 a 2014. Luego, cuantificamos los impactos a largo plazo (40 años) de las conversiones de sistemas de cultivo de arroz-vegetales y niveles de fertilización (0, 50, 100 y 150% de la tasa de fertilización convencional) en las emisiones de GEI y los potenciales de calentamiento global (PCG) utilizando el modelo calibrado. La dinámica de emisión de GEI diaria simulada por el modelo DNDC fue generalmente consistente con los datos medidos y mostró buenas predicciones de las emisiones estacionales de CH (coeficiente de determinación (R) = 0.96), emisiones de CO (R = 0.75), emisiones de NO (R = 0.75) y rendimientos de cultivos (R = 0.89) en respuesta a los diferentes sistemas de cultivo y niveles de fertilización a lo largo de los dos años. El rendimiento general del modelo fue mejor para el arroz que para los sistemas de cultivo de vegetales. Tanto los datos simulados como los medidos de dos años mostraron mayores emisiones de CH y CO y menores emisiones de NO para el arroz que para los sistemas de cultivo de vegetales y mostraron respuestas positivas de las emisiones de CO y NO a la fertilización. El PCG más bajo para vegetales sin fertilización y el PCG más alto para arroz con fertilización se obtuvieron. Estos resultados fueron consistentes con los resultados de simulación a largo plazo. En contraste con los datos experimentales de dos años, las emisiones de CH simuladas a largo plazo aumentaron con la fertilización para los sistemas de cultivo dominados por el arroz. Se recomendaron sistemas de cultivo y niveles de fertilización razonables para la región.