Las aguas subterráneas proporcionan el recurso hídrico más importante utilizado en el mantenimiento de comunidades en regiones áridas y semiáridas. En estas áreas, el uso de pozos profundos con bombas motorizadas, combinado con la falta de políticas regulatorias efectivas y el alto crecimiento de la población humana (que incrementa la demanda de agua), impacta la calidad de las aguas subterráneas. Este es especialmente el caso del acuífero de San José del Cabo, en Baja California Sur. En el presente estudio se analiza el sistema de flujo de aguas subterráneas para reconocer el impacto de las variaciones en la extracción y recarga de aguas subterráneas en los niveles freáticos y los valores de descarga. Para lograr este objetivo, se generó un modelo de aguas subterráneas utilizando el programa MODFLOW. Se calcularon diferentes escenarios de extracción y recarga, basados en diferentes estimaciones de crecimiento poblacional. Todos los escenarios resultan en una disminución de los niveles de aguas subterráneas. Como resultado importante, se encontró una relación entre el nivel freático y el volumen de extracción para la zona media del acuífero, donde se observó una disminución anual promedio de 0.5 m por cada 5 x 10 m de volumen de extracción adicional. Esta zona es hasta tres veces más susceptible a cambios en los valores de extracción que la zona sur. Como muestran los resultados, el acuífero de San José del Cabo se encuentra en un estado frágil donde un incremento en la extracción no es una opción sin el uso de técnicas de remediación o nuevas fuentes de suministro de agua.