Este estudio aborda un problema de enrutamiento intermodal encontrado por un operador de transporte intermodal que cumple con el pedido de transporte de granos alimentarios de una empresa agroalimentaria. Para mejorar la sostenibilidad ambiental de la logística alimentaria, se han empleado regulaciones de impuestos y comercio de carbono para reducir las emisiones de carbono asociadas con el transporte. Las incertidumbres de múltiples fuentes, incluida la demanda de la empresa de granos alimentarios y varios parámetros relacionados con las actividades de transporte intermodal, se modelan a través de números difusos trapezoidales para optimizar la fiabilidad integral de la solución. Este trabajo incorpora la reducción de desperdicios al disminuir los costos de desperdicio y formular una restricción de umbral de desperdicio en el enrutamiento intermodal. En consecuencia, se propone un modelo de programación no lineal mixta difusa para un problema de enrutamiento intermodal verde y fiable para el transporte de granos alimentarios. Para superar la insolvencia del modelo y la dificultad de encontrar la solución óptima global a un modelo de optimización no lineal, se desarrolla un método de solución en dos etapas, empleando programación con restricciones de probabilidad y técnica de linealización para reformular el modelo inicial. Se presenta un estudio de caso numérico para verificar la viabilidad de los métodos propuestos. El análisis de sensibilidad revela la influencia de los niveles de confianza y el umbral de desperdicio, proporcionando información a la empresa agroalimentaria para equilibrar la economía, la fiabilidad y la reducción de desperdicios en el transporte de granos alimentarios. El estudio de caso numérico también analiza la viabilidad de las regulaciones de impuestos y comercio de carbono en la reducción de emisiones de carbono, concluyendo que las regulaciones de impuestos al carbono logran consistentemente mayores reducciones y son universalmente viables. En contraste, la viabilidad de las regulaciones de comercio de carbono depende de los niveles de confianza y el umbral de desperdicio. Los hallazgos de este trabajo podrían proporcionar un sólido apoyo cuantitativo a los operadores de transporte intermodal y a las empresas agroalimentarias que buscan implementar un transporte sostenible de granos alimentarios.