Modelando las tasas filogenéticas de evolución de rasgos continuos: un enfoque de modelo autorregresivo de media móvil
Autores: Jhwueng, Dwueng-Chwuan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Modelando las tasas filogenéticas de evolución de rasgos continuos: un enfoque de modelo autorregresivo de media móvil
Categoría
Matemáticas
Subcategoría
Matemáticas generales
Palabras clave
Evolución
Tasas
Rasgo continuo
Modelo ARMA
árbol filogenético
Autorregresivo
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 31
Citaciones: Sin citaciones
Las tasas de evolución continua juegan un papel crucial en la comprensión del ritmo al que evolucionan las especies. Diversos modelos estadísticos han sido desarrollados para estimar las tasas de evolución de rasgos continuos para un grupo de especies relacionadas que evolucionan a lo largo de un árbol filogenético. Los modelos existentes a menudo asumen la independencia de los parámetros de tasa; sin embargo, esta suposición puede no tener en cuenta escenarios donde la tasa de evolución de rasgos continuos se correlaciona con su historia evolutiva. Proponemos utilizar el modelo autoregresivo de media móvil (ARMA) para modelar la tasa de evolución de rasgos continuos a lo largo del árbol, planteando la hipótesis de que las tasas entre dos generaciones sucesivas (ancestro-descendiente) son dependientes del tiempo y están correlacionadas a lo largo del árbol. Denominamos PhyRateARMA a un modelo ARMA de tasa filogenética de evolución de rasgos continuos en nuestro marco. Nuestro algoritmo comienza utilizando el árbol y los datos de rasgos para estimar las tasas en cada rama, seguido por la implementación del proceso ARMA para inferir las relaciones entre tasas sucesivas. Aplicamos nuestra innovación para analizar el conjunto de datos de masa corporal de primates y el conjunto de datos de tamaño de genoma de plantas y para probar el efecto autorregresivo de las tasas de evolución continua a lo largo del árbol.
Descripción
Las tasas de evolución continua juegan un papel crucial en la comprensión del ritmo al que evolucionan las especies. Diversos modelos estadísticos han sido desarrollados para estimar las tasas de evolución de rasgos continuos para un grupo de especies relacionadas que evolucionan a lo largo de un árbol filogenético. Los modelos existentes a menudo asumen la independencia de los parámetros de tasa; sin embargo, esta suposición puede no tener en cuenta escenarios donde la tasa de evolución de rasgos continuos se correlaciona con su historia evolutiva. Proponemos utilizar el modelo autoregresivo de media móvil (ARMA) para modelar la tasa de evolución de rasgos continuos a lo largo del árbol, planteando la hipótesis de que las tasas entre dos generaciones sucesivas (ancestro-descendiente) son dependientes del tiempo y están correlacionadas a lo largo del árbol. Denominamos PhyRateARMA a un modelo ARMA de tasa filogenética de evolución de rasgos continuos en nuestro marco. Nuestro algoritmo comienza utilizando el árbol y los datos de rasgos para estimar las tasas en cada rama, seguido por la implementación del proceso ARMA para inferir las relaciones entre tasas sucesivas. Aplicamos nuestra innovación para analizar el conjunto de datos de masa corporal de primates y el conjunto de datos de tamaño de genoma de plantas y para probar el efecto autorregresivo de las tasas de evolución continua a lo largo del árbol.