A nivel mundial, un número creciente de islas marinas sufre diversas presiones sobre el medio ambiente, impulsadas por el cambio climático y el aumento de la demanda de tierras. El archipiélago de Galápagos es uno de los grupos de islas más icónicos, sin embargo, el crecimiento de la población y el turismo han resultado en una creciente necesidad de un monitoreo ambiental eficiente de sus frágiles ecosistemas, como la zona intermareal que alberga una fauna diversa y única. El propósito de este estudio fue investigar las oportunidades de clasificación de imágenes para estos hábitats intermareales utilizando imágenes de Vehículos Aéreos No Tripulados (VANT). Los datos para esta investigación se recolectaron en Puerto Ayora en Santa Cruz en agosto de 2017, la isla más urbanizada de Galápagos. Se obtuvo una ortofoto, un modelo digital de elevación (MDE) y un modelo 3D de la zona intermareal drapeado con ortofoto utilizando software de registro de imágenes. Basado en la ortofoto, se realizó una clasificación inicial de la zona intermareal utilizando el algoritmo de mapeo de ángulo espectral. Se creó un mapa de hábitats con cuatro clases (agua, arena, roca y vegetación) con una precisión de clasificación general del 77%, lo que indica la idoneidad de las imágenes aéreas de alta resolución de VANT para la clasificación de hábitats intermareales. El método desarrollado podría aplicarse para mapear y monitorear otras regiones costeras y sistemas insulares.