Las redes de reacciones se han propuesto recientemente como un marco para el modelado de sistemas debido a su capacidad para describir muchas entidades que interactúan de maneras contextuales y que conducen a la emergencia de meta-estructuras. Dado que los sistemas pueden estar sujetos a cambios estructurales que no solo alteran su funcionamiento interno, sino también sus características ontológicas subyacentes, un tema crucial es cómo abordar estos cambios estructurales dentro de un marco representacional formal. Al modelar sistemas utilizando redes de reacciones, encontramos que son posibles tres tipos fundamentalmente diferentes de cambio estructural. El primero corresponde a la noción habitual de perturbación en sistemas dinámicos, es decir, cambio en el estado del sistema. El segundo corresponde a cambios de comportamiento, es decir, cambios no en el estado del sistema, sino en las propiedades de sus reglas de comportamiento. El tercero corresponde a cambios estructurales radicales, es decir, cambios en la estructura del conjunto de estados y/o en la estructura del conjunto de reacciones. En este artículo, describimos en detalle los tres tipos de cambios estructurales que pueden ocurrir en una red de reacciones y cómo estos cambios se relacionan con los cambios en los sistemas observables dentro de esta red de reacciones. En particular, desarrollamos un teorema de descomposición para particionar una red de reacciones como una colección de módulos dinámicamente independientes y mostramos cómo tal descomposición permite identificar con precisión las partes de la red de reacciones que se ven afectadas por un cambio estructural.