La eutrofización antropogénica ha causado problemas ambientales generalizados en lagos de agua dulce, reduciendo la biodiversidad y alterando la cadena alimentaria pelágica clásica. Aumentar nuestra comprensión del papel exacto de los nutrientes y las variables fisicoquímicas en la dinámica microbiana, y los subsiguientes brotes de microalgas y cianobacterias, ha implicado numerosos estudios que van desde estudios replicados basados en microcosmos hasta estudios temporales de datos reales de lagos. En un estudio experimental previo de microcosmos, utilizamos metaproteómica para investigar los cambios funcionales de una comunidad microalgal-bacteriana bajo niveles de nutrientes oligotróficos y eutróficos. Aquí, analizamos los datos de series temporales de este experimento con una combinación de análisis univariantes típicamente utilizados y un enfoque multivariante más moderno, el modelado de ecuaciones estructurales. Nuestro objetivo era probar, utilizando estos métodos modernos, si las variables fisicoquímicas y la dinámica de nutrientes actuaban de manera aditiva, sinérgica o antagónica en la comunidad biótica específica utilizada en los microcosmos. Encontramos que los nutrientes (nitrógeno y fósforo) y la temperatura actuaron de manera aditiva en las interacciones entre las microalgas y las bacterias presentes, con los efectos de la temperatura elevados en las condiciones eutróficas que aplicamos. Los datos sugieren que puede no haber interacción sinérgica entre nutrientes y temperatura en los microcosmos probados. Nuestro enfoque demuestra cómo la aplicación de métodos multivariantes a conjuntos de datos existentes, en nuestro caso de microcosmos de agua dulce enriquecidos con nutrientes, permite extraer nueva información, mejorando las interpretaciones y permitiendo comparaciones más fiables con estudios publicados similares.