Este estudio investiga las complejas interacciones entre factores ambientales, genéticos y estructurales que influyen en dos parámetros clave: la densidad de propágulos de spp. por gramo de suelo seco (NPSS) y el número de colonias (NC). Utilizando enfoques estadísticos avanzados, examinamos los efectos combinados de variables como la humedad del suelo, el peso seco, las fluctuaciones temporales y los portainjertos. Los resultados muestran una relación lineal significativa entre NPSS y la humedad del suelo, así como una fuerte correlación positiva entre NPSS y NC. Los análisis genéticos revelan una contribución predominante de factores ambientales a la variabilidad de rasgos, con un alto coeficiente fenotípico de variación (PCV) y una baja heredabilidad en sentido amplio. Los modelos mixtos resaltan el impacto sinérgico de la humedad del suelo, NC y el peso seco del suelo en NPSS, así como efectos temporales significativos. El análisis de mediación confirma que la humedad del suelo influye en NPSS principalmente a través de un efecto indirecto transmitido por NC, con una proporción mediada que supera el 94%. Finalmente, el análisis multivariado revela diferencias significativas entre portainjertos, destacando B2 28613 (R4) y Mandarina Sunki x P.T. B2 38581 (R7) como los más destacados. Estos resultados resaltan la importancia de un manejo integrado de variables ambientales y portainjertos para optimizar la productividad del suelo y la calidad agronómica. Las implicaciones de este estudio proporcionan una base sólida para orientar estrategias de mejora genética y manejo del suelo, equilibrando las limitaciones ambientales y las oportunidades ofrecidas por la selección genética dirigida.