Caracterizar los mecanismos de retención de genes duplicados utilizando métodos filogenéticos requiere modelos que sean consistentes con diferentes procesos biológicos. La interacción entre procesos biológicos complejos y modelos estadísticos necesariamente más simples conduce a un problema de modelado complejo. Se presenta una discusión sobre la relación entre procesos biológicos, modelos existentes para la retención de genes duplicados y datos. Luego, los modelos existentes se amplían en la derivación de dos nuevos modelos de nacimiento/muerte para su aplicación filogenética en un marco de reconciliación de árboles genéticos/especie para permitir la inferencia probabilística de los mecanismos a partir de la parametrización del modelo. El objetivo de este trabajo es sintetizar una discusión detallada sobre la modelización de genes duplicados para abordar preguntas biológicas, avanzando desde trabajos previos hacia trayectorias futuras con el objetivo de generar mejores modelos y una mejor inferencia.